秋季使用大棚种植管理有着一定的难度，这是因为进入秋季后气温会持续下降变冷，昼夜温差持续加大，连续阴雨天气会更多，在这样的低温、日照不足的气候条件下，加上大棚生产厂家产品内高温、高湿、弱光的种植环境，极易造成幼苗生长不良、植株徒长、根系活力下降、茎秆变薄变弱、叶片变薄变黄、光合作用能力减弱、抗逆性和抗病性差、多云天气转晴后枯萎/燃烧等问题，对于那些开花结果的蔬菜，也容易出现打顶、掉花掉果、幼瓜膨大缓慢、裂果、畸形果增多等各种问题。

    应注意防止温室内高温的危害，秋季气温下降后，天气变冷持续阴雨天气增多，很多菜农可能会经常关闭大棚内的所有通风口进行管理，这样很容易造成大棚内温度持续升高，在秋季连续阴天光照不足的情况下，蔬菜叶片通过光合作用合成有机养分的能力会大大减弱，同时由于大棚生产厂家产品内温度相对较高，蔬菜整体的呼吸作用会增强，会造成棚内蔬菜养分合成和生产量不断减少，养分消耗大幅度增加的问题，从而导致蔬菜因养分供应不足。

    另一方面，要注意防止温差过大的危害，秋季气温下降较快，昼夜温差相对较大，白天气温可能达到30度以上，晚上气温会下降10度左右，虽然说大棚生产厂家产品内保持适宜的温差(10度左右)有利于蔬菜的生长，但如果温差过大(15-20度)，会严重抑制蔬菜的健康生长发育，诱发频发的生理性病害(如瓜果裂果、萎凋黄叶等)。